基于转录组的楠木MYB转录因子的挖掘及分析

• 作者: 丁蒙蒙 代娇 庄国庆 徐莺 时小东 盛玉珍 顾雨熹
• 来源期刊: 广西植物
• 学科: 农学
• 关键词: 楠木 转录组 MYB转录因子 生物信息学 基因表达
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 植物生理与分子生物学
• 页码范围: 90-100
• 页数: 11页
• 分类号: Q943.2|S792.24
• 字数: 6569字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201703035

摘要

楠木(Phoebe zhennan)为樟科常绿乔木,是国家二级重点保护树种.楠木生长缓慢,木材形成所需周期较长,其原因有待进一步深入分析.近年来转录因子已成为植物分子生物学研究的热点,高通量测序技术的应用和发展促进了转录因子的挖掘和深入分析.该研究基于我国特有濒危树种楠木的转录组数据,通过与拟南芥基因组MYB转录因子进行对比,对楠木MYB转录因子进行挖掘和生物信息学分析,并结合功能预测和不同组织表达对其进行深入分析.结果表明:从楠木转录组数据中,共挖掘出82个MYB转录因子,这82个MYB转录因子蛋白质所含氨基酸数目为50~1121个、分子量为5.907~123.64 kDa,整体表现为亲水性不稳定蛋白,以α?螺旋和无规则卷曲为主要二级结构元件.序列比对和进化树分析表明,楠木MYB转录因子的结构域有高度保守性,含有[W]-X(19)-[W]-X(19)结构;82个PzMYB可分为22类,参与生长发育、次生代谢、逆境响应等过程,与功能预测分析结果相一致.同时,在楠木茎和叶中,差异表达PzMYB数目为18个,其中上调10个、下调8个.该研究结果不仅对楠木MYB转录因子的挖掘和功能分析以及分子生物学研究奠定了基础,而且还对其遗传改良和分子育种具有参考价值.