基于转录组测序的木薯性别决定相关基因挖掘

• 作者: 付海天 俞奔驰 卢赛清 宋恩亮 郑华 韦丽君
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 木薯 性别决定 基因挖掘 差异表达基因(DEGs) 激素信号传导 转录组测序
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 优秀青年学者论坛
• 页码范围: 1785-1796
• 页数: 12页
• 分类号: S533.035.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2020.08.001

摘要

[目的]明确木薯不同性型花的转录组差异,为深入研究木薯多开雌花和两性花及协调木薯性别比例提供理论参考.[方法]以木薯雄蕾、雌蕾和两性蕾为供试材料,采用Illumina HiSeqTM 4000测序平台对其进行转录组测序,通过生物信息学对转录本进行比较分析,预测和筛选出木薯性别决定相关基因.[结果]通过转录组分析获得高质量序列(Clean reads)64189053个,高质量碱基19.29 Gb.3种花蕾的GC含量均在43.00％左右、Q30均在95.00％左右.木薯雄蕾、雌蕾和两性蕾的Clean reads总数分别为42642272、42172402和43563432条,其中,参考基因组和单端的比对率均在77.00％左右、多位置比对率均小于0.80％,正、负链比对率均在39.00％左右;约有90.00％的序列定位于外显子,仅有5.00％的序列定位于内含子或基因间区.在雄蕾—雌蕾(前者是对照,后者是处理,下同)、雄蕾—两性蕾和雌蕾—两性蕾3个对比组中分别筛选到3629、2499和2492个差异表达基因(DEGs),注释到GO功能数据库中的DEGs分别为2544、1749和1807个,其中,雄蕾—雌蕾对比组的上调表达基因和下调表达基因数量均最多.以富集于生物学过程(主要为代谢过程和细胞过程)的DEGs最多,其次是分子功能(主要为结合和催化)和细胞组分(主要为细胞和细胞部分);无论是注释到GO功能数据库的DEGs,还是注释到生物学过程、细胞部分和分子功能等主要次级分类中的DEGs,均以雄蕾—雌蕾对比组最多.3个对比组中均以参与激素信号传导的DEGs最多;且又以富集于一般功能预测的DEGs最多,其次是富集于转录的DEGs,富集于复制、重组和修复及信号传导机制的DEGs也较多,但雄蕾—雌蕾对比组大部分GOG功能类别的DEGs明显多于雄蕾—两性蕾和雌蕾—两性蕾对比组,而雄蕾—两性蕾与雌蕾—两性蕾对比组间差异不明显.3个对比组的DEGs富集于50条KEGG信号通路,其中以富集于植物激素信号传导的DEGs最多,共筛选获得88个与激素信号转导相关的DEGs,其中log2FC>3的基因有26个,且大多数为生长素相关的基因.木薯雄蕾、雌蕾和两性蕾间差异表达的转录因子基因有196个,log2FC>3的转录因子基因有87个,主要为ERF、bHLH、WRKY和MYB四大类转录因子基因.[结论]木薯不同性型花存在较多的DEGs,其中与生长素及ERF、bHLH、WRKY和MYB转录因子相关的基因均与木薯性别决定密切相关,可能是木薯性别分化的关键调控基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	付海天		18	79	5.0	8.0
2	卢赛清		15	74	4.0	8.0
3	韦丽君		17	29	2.0	5.0
4	郑华		13	22	3.0	4.0
5	宋恩亮		4	9	2.0	3.0
6	俞奔驰		16	39	3.0	5.0