基于全长转录组测序的盐生草SSR标记开发及其遗传多样性分析

• 作者: 孙禄娟 何建军 汪军成 姚立蓉 司二静 杨轲 李葆春 马小乐 尚勋武 孟亚雄 王化俊
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: 全长转录组 SSR 重复类型 多态性筛选 聚类分析
• 年，卷（期）: 2022,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 199-210
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10. 11686/cyxb2021234

摘要

以盐生草全长转录组数据为基础，用MISA在线软件对盐生草转录组水平SSR位点进行搜索，共鉴定到29640个SSR位点，每SSR的发生频率为4.93 kb。SSR种类包含1~6核苷酸重复类型，重复次数主要为4~20次，其中，三核苷酸重复单位最多，占38.25%；四核苷酸重复单位类型最少，仅占3.26%。鉴定到的327种SSR重复类型中，A/T、AG/CT、ATC/GAT、AAG/CTT重复类型出现次数较多。进一步地，对甘肃18个不同生态点盐生草材料进行SSR标记位点的开发及遗传多样性分析。从检测到的29640个SSR标记中选择218对标记进行多态性筛选，共筛选到多态性较高的33对标记，这些标记共检测得到199个等位基因位点，等位基因数（AN）为3~13个，平均为6.03个；基因多样性指数（GD）为0.583~0.869，平均为0.698；基因型数量（GN）为2~13，平均值为5.88；多态性信息含量（PIC）值为0.527~0.856，平均值为0.623。聚类分析结果表明，18个不同生态点盐生草的遗传相似系数（GS）为0.528~0.859，平均值为0.683。在GS为0.68处，可将供试材料划分为四大类。本研究为盐生草种质资源开发及利用提供了参考依据。