基于全长转录组的盐生草WRKY基因家族的鉴定及其盐胁迫响应模式分析

• 作者: 陈倩 徐晓芸 汪军成 姚立蓉 司二静 杨轲 韦晓玲 马小乐 李葆春 尚勋武 孟亚雄 王化俊
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: 盐生草 WRKY 基因家族 盐胁迫 生物信息学
• 年，卷（期）: 2022,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 146-157
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10. 11686/cyxb2021478

摘要

WRKY是一类植物特有的转录因子，尤其在植物生长、发育和逆境过程中起到至关重要的作用。为了鉴定盐生草WRKY基因家族成员、揭示其进化关系及探究HgWRKYs基因在盐胁迫下的表达响应模式，本研究基于盐生草全长转录组数据，利用生物信息学方法对其WRKY转录因子进行鉴定与分析，并通过qRT-PCR方法检测了HgWRKYs家族成员在盐胁迫下的相对表达量。结果表明，在盐生草转录组中共鉴定出31个HgWRKYs，氨基酸数介于220~611 aa，其蛋白N端均具有完整的WRKYGQK保守序列；除HgWRKY20和HgWRKY21同时分布于细胞核和线粒体外，其余HgWRKY基因均位于细胞核；系统进化分析将其分为Ⅰ（8个）、Ⅱ（22个）、Ⅲ（1个）三类，第Ⅱ类进一步分为Ⅱ-a（1个）、Ⅱ-b（2个）、Ⅱ-c（1个）、Ⅱ-d（15个）和Ⅱ-e（3个）5个亚类；Motif 1和Motif 2是HgWRKYs基因家族的特征基序，在进化过程中较为保守。qRT-PCR结果表明，HgWRKYs主要在根系中表达，具有组织特异性，其中HgWRKY19、HgWRKY23和HgWRKY27基因在24 h的表达量最高，将其作为盐胁迫响应候选基因，以期为后续研究盐生草WRKY基因响应盐胁迫的分子机制提供依据。