花椒转录组SSR信息分析及其分子标记开发

• 作者: 候丽秀 刘玉林 王丽华 魏安智
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 花椒 转录组 简单重复序列(SSR)标记 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1226-1236
• 页数: 11页
• 分类号: S565.9
• 字数: 6429字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2018.07.015

摘要

匮乏的基因组信息是导致花椒(Zanthoxylum bungeanum)分子标记缺乏的根本原因.本研究通过高通量测序技术结合MISA软件分析花椒果皮转录组中SSR的分布类型及特点,以来源于中国6个省份的33份花椒种质对随机合成的80对引物进行多态性筛选,继而开发表达序列标签SSR(expressed sequence tags-SSR,EST-SSR)标记并分析不同花椒种质的遗传多样性.结果显示,在转录组测序获得的163 340条Unigenes中,共筛选到27 905个SSR位点,分布于23 422条Unigenes中,SSR发生频率和平均分布距离分别为14.34％和2.94 kb.其中,1 1 10个SSR位于编码区序列(coding sequence,CDS);4 358和3 856个SSR分别位于5'端非编码区(5-untranslated regions,5'-UTR)和3'端非编码区(3'-untranslated regions,3'-UTR).单、二和三核苷酸为优势重复类型,分别占SSR总数的66.48％、17.37％和14.89％,且A/T、AG/TC和AAG/TTC分别是单、二和三核苷酸的优势重复基元.此外,本研究成功设计12 478对SSR特异位点引物.在随机选取的80对引物中,共有15对表现出多态性.多态性信息含量(polymorphisminformation content,PIC)、观测等位基因数(observed number of alleles,Na)、有效等位基因(effective number of alleles,Ne)、观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)、期望杂合度(expected heterozygosity,He)、Shannon's指数(Shannon's information index,D和Nei's基因多样性指数(Nei's gene diversity index,H)的平均值分别为0.50、3.27、2.43、0.69、0.58、0.97和0.57.利用UPGMA聚类,可将33份供试花椒种质分为4类,与供试种质地理位置划分基本保持一致.本研究为花椒种质资源鉴定、分子标记辅助选择育种及遗传多样性分析等提供标记资源.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	魏安智	西北农林科技大学林学院	81	1059	18.0	28.0
2	候丽秀	西北农林科技大学林学院	3	7	2.0	2.0
3	刘玉林	西北农林科技大学林学院	12	35	3.0	5.0
4	王丽华	四川省林业科学研究院生物技术与良种研究所	7	32	3.0	5.0