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基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发
基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发
作者:
周莉花
张超
赵宏波
黄耀辉
原文服务方:
浙江农林大学学报
植物学
夏蜡梅
ESR-SSR
引物筛选
扩增体系
正交实验
摘要:
夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物.为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125014条unigene序列中检测到26564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、 单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)n.利用L16(45)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SSR-PCR)体系:20.0μL含Taq酶0.6 U(1 U=16.67 nkat),镁离子(Mg2+)1.50 mmol·L-1,三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTP)0.25 mmol·L-1,引物0.20μmol·L-1,DNA 75 ng.针对所有EST-SSRs共设计出15585对符合要求的引物,随机选择了220对进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,其中120对(54.55%)成功扩增出产物,14对在不同种群个体中扩增出多态,平均扩增等位基因数为2.64,7对在同一种群个体中扩增出多态.这些多态引物的开发可为夏蜡梅的遗传分析提供更丰富的标记.图3表4参35
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文献信息
篇名
基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发
来源期刊
浙江农林大学学报
学科
关键词
植物学
夏蜡梅
ESR-SSR
引物筛选
扩增体系
正交实验
年,卷(期)
2017,(4)
所属期刊栏目
研究方向
页码范围
589-596
页数
8页
分类号
S718.4
字数
语种
中文
DOI
10.11833/j.issn.2095-0756.2017.04.004
五维指标
作者信息
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姓名
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发文数
被引次数
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1
张超
浙江农林大学风景园林与建筑学院
44
270
8.0
14.0
2
赵宏波
浙江农林大学风景园林与建筑学院
30
133
7.0
10.0
3
周莉花
浙江农林大学风景园林与建筑学院
8
32
3.0
5.0
4
黄耀辉
浙江农林大学风景园林与建筑学院
3
13
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3.0
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版权信息
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研究来源
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研究去脉
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期刊影响力
浙江农林大学学报
主办单位:
浙江农林大学
出版周期:
双月刊
ISSN:
2095-0756
CN:
33-1370/S
开本:
大16开
出版地:
邮发代号:
创刊时间:
1984-01-01
语种:
chi
出版文献量(篇)
3071
总下载数(次)
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