基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发

• 作者: 周莉花 张超 赵宏波 黄耀辉
• 来源期刊: 浙江农林大学学报
• 关键词: 植物学 夏蜡梅 ESR-SSR 引物筛选 扩增体系 正交实验
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 页码范围: 589-596
• 页数: 8页
• 分类号: S718.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.11833/j.issn.2095-0756.2017.04.004

摘要

夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物.为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125014条unigene序列中检测到26564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、 单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)n.利用L16(45)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SSR-PCR)体系:20.0μL含Taq酶0.6 U(1 U=16.67 nkat),镁离子(Mg2+)1.50 mmol·L-1,三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTP)0.25 mmol·L-1,引物0.20μmol·L-1,DNA 75 ng.针对所有EST-SSRs共设计出15585对符合要求的引物,随机选择了220对进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,其中120对(54.55%)成功扩增出产物,14对在不同种群个体中扩增出多态,平均扩增等位基因数为2.64,7对在同一种群个体中扩增出多态.这些多态引物的开发可为夏蜡梅的遗传分析提供更丰富的标记.图3表4参35

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张超	浙江农林大学风景园林与建筑学院	44	270	8.0	14.0
2	赵宏波	浙江农林大学风景园林与建筑学院	30	133	7.0	10.0
3	周莉花	浙江农林大学风景园林与建筑学院	8	32	3.0	5.0
4	黄耀辉	浙江农林大学风景园林与建筑学院	3	13	2.0	3.0