原文服务方: 浙江农林大学学报       
摘要:
夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物.为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125014条unigene序列中检测到26564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、 单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)n.利用L16(45)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SSR-PCR)体系:20.0μL含Taq酶0.6 U(1 U=16.67 nkat),镁离子(Mg2+)1.50 mmol·L-1,三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTP)0.25 mmol·L-1,引物0.20μmol·L-1,DNA 75 ng.针对所有EST-SSRs共设计出15585对符合要求的引物,随机选择了220对进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,其中120对(54.55%)成功扩增出产物,14对在不同种群个体中扩增出多态,平均扩增等位基因数为2.64,7对在同一种群个体中扩增出多态.这些多态引物的开发可为夏蜡梅的遗传分析提供更丰富的标记.图3表4参35
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文献信息
篇名 基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发
来源期刊 浙江农林大学学报 学科
关键词 植物学 夏蜡梅 ESR-SSR 引物筛选 扩增体系 正交实验
年,卷(期) 2017,(4) 所属期刊栏目
研究方向 页码范围 589-596
页数 8页 分类号 S718.4
字数 语种 中文
DOI 10.11833/j.issn.2095-0756.2017.04.004
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 张超 浙江农林大学风景园林与建筑学院 44 270 8.0 14.0
2 赵宏波 浙江农林大学风景园林与建筑学院 30 133 7.0 10.0
3 周莉花 浙江农林大学风景园林与建筑学院 8 32 3.0 5.0
4 黄耀辉 浙江农林大学风景园林与建筑学院 3 13 2.0 3.0
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浙江农林大学学报
双月刊
2095-0756
33-1370/S
大16开
1984-01-01
chi
出版文献量(篇)
3071
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