基于松科树种EST序列的落叶松SSR引物开发

• 作者: 张含国 张磊 朱航勇 贯春雨 邓继峰
• 来源期刊: 东北林业大学学报
• 关键词: 松科 落叶松 EST-SSR 引物开发
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 页码范围: 20-23
• 分类号: S722.7|S791.22
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-5382.2011.01.007

摘要

登陆NCBI的dbEST数据库搜索松科树种EST序列,应用SSRIT软件在线搜索EST-SSR,用Primer3设计EST-SSR引物.选用日本落叶松(L.leptolepis)×兴安落叶松(L.gmelinii)及其145个F1为检测植株,对所开发EST-SSR引物进行扩增,并以丙烯酰胺凝胶检测扩增产物,以获得适合落叶松的SSR引物,以期用于该家系的图谱构建及QTL定位的研究.NCBI数据库搜索松科EST序列40608条,使用SSRIT检测得到SSR位点1011个,频率为2.49%.使用primer 3设计EST-SSR引物132对.SSRs以二核苷酸重复最为常见,重复基元11种,重复数量5598个,占全部重复基元比例达到83.79%;其次为三核苷酸,重复基元40种,重复数量1067,占全部重复单元的比例为15.97%;四核苷酸为3种重复基元,重复数量16,所占比例为1.95%.经扩增检测125对EST-SSR引物在日×兴亲本及F1中获得扩增产物,占94.7%.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张磊		54	331	10.0	16.0
2	张含国		60	572	13.0	21.0
3	朱航勇		4	81	4.0	4.0
4	贯春雨		5	71	4.0	5.0
5	邓继峰		6	97	5.0	6.0