菠萝EST资源的SSR信息分析与开发

• 作者: 倪燕婕 张智俊 罗淑萍 钟雅萍 陆洋 陈俊浩 鲍晶晶
• 来源期刊: 浙江农林大学学报
• 关键词: 分子生物学 菠萝 表达序列标签 简单重复序列
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 页码范围: 332-339
• 页数: 8页
• 分类号: S664.1|Q781
• 语种: 中文
• DOI: 10.11833/j.issn.2095-0756.2017.02.018

摘要

表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs)存在于表达序列标签中,是一种最常用的新型微卫星标记.它可以被嵌入到功能基因序列中,有效并高效地提供更多的相关信息.通过对已公开的5659条菠萝Ananas comosus的表达序列标签(ESTs)进行电子筛选,获得了617条含有简单重复序列(SSR)的菠萝EST.平均7.39 kb EST序列中含有1个SSR,其中二核苷酸,三核苷酸和六核苷酸是SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的42.61%,29.25%和20.13%.所有重复类型中重复次数最少的是四核苷酸序列(3.46%).AG/TC是二核苷酸中的优势单元.根据搜索出的EST序列,共设计出30对物,其中27对引物扩增产物具有多态性.本次实验中开发的EST-SSR标记是迄今为止有关于菠萝的第1次大规模SSR标记开发.研究结果为利用EST-SSR分子标记进行菠萝连锁图谱构建,数量基因定位,种质资源遗传多样性,亲缘关系研究和指纹图谱构建奠定了基础.