荔枝EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发

• 作者: 向旭 孙清明 欧良喜 白丽军 蔡长河 赵俊生 陈洁珍 马帅鹏 马文朝
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 荔枝 EST SSR
• 年，卷（期）: 2011,（19）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 4037-4049
• 分类号: S667.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.19.014

摘要

[目的]明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础.[方法]应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点.利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物.选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离.[结果]荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53％.这些EST-SSR的平均长度为18.43 bp,平均分布频率1/4.42 kb.在1-6bp的重复基元中,二核苷酸和三核苷酸重复类型占主导地位,共占总SSR的69.09％,二者出现的频率分别为37.27％和31.82％.共观察到72种重复基元,出现频率最高的是GA/TC(16.82％);其次是AG/CT、A/T、AT/TA及GAA/TTC,频率分别为14.55％、11.82％、5.00％和3.64％.不同核苷酸数目的重复基元的重复次数差异很大.设计、合成150对EST-SSR引物,122对(81.33％)引物在荔枝中获得有效扩增,100对引物具有多态性.[结论]荔枝EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR标记开发效率较高.本研究为利用EST-SSR标记开展荔枝遗传研究提供了1 00对EST-SSR引物,并为进一步开发荔枝EST-SSR标记提供了含SSR位点的候选序列.