桑树EST-SSR引物开发

• 作者: 高丽霞
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 桑树 EST-SSR 引物 开发 EST数据库 多态性
• 年，卷（期）: 2013,（8）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 1254-1257
• 页数: 4页
• 分类号: S888.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.8.1254

摘要

[目的]利用桑科的EST数据库进行桑树EST-SSR引物开发,为丰富桑树SSR数据库提供参考.[方法]下载NCBI中桑科的EST数据库,进行序列处理及拼接后,用SSRIT搜索其中的SSR位点,以Primer Premier 5.0设计引物,选用5个桑树品种各5株样品进行多态性引物筛选.[结果]下载的EST拼接后得到2008条拼接片段(contig),共搜索到831个SSR位点,分布在799个contig中.二、三核苷酸重复基元是主导类型,分别占总SSR的66.06％和32.37％; TC/AG和CT/GA是二核苷酸优势重复基元,分别占二核苷酸总数的28.64％和25.87％.设计合成77对EST-SSR引物,其中46对能够扩增出有效条带;经多态性筛选,26对引物可扩增出多态性条带.[结论]利用桑属近缘属的EST序列进行桑树EST-SSR引物的开发是可行的;开发出的26对多态性引物可用于桑树遗传多样性分析和种质鉴定等.