芝麻EST-SSR引物的开发与应用

• 作者: 于景印 刘红艳 刘胜毅 柯涛 毛晗 董彩华 赵应忠 陈书元
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 芝麻 EST-SSR 油脂代谢 SSR标记
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 43-47
• 页数: 5页
• 分类号: S565.303
• 字数: 3117字
• 语种: 中文

摘要

为丰富芝麻EST-SSR引物,本研究从实验室构建的高油芝麻品系中芝14号的不同种子发育期cDNA文库中获得45 569条表达序列标签(expressed sequence tags,EST),通过前处理得到总长17.428Mb的无冗余EST共32 421条.利用MISA和SSR finder软件包工具对EST序列进行SSR位点查找,在这些序列中发现有1 688条Unigene,共有1 949个SSR.共226个序列含2个或2个以上SSR位点.这些SSR中出现频率最高的重复基序类型为三核苷酸(74％).为开发芝麻EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于芝麻品种遗传差异研究的可行性,用12份不同含油量品系材料评价其中34对与油脂代谢相关的基因SSR引物,全部成功扩增,共有3对引物获得多态性条带.结果表明,芝麻EST-SSR标记开发效率较高,对于芝麻品种的鉴定与遗传多样性分析具有很高的应用价值.