杉木EST-SSR与基因组SSR引物开发

• 作者: 徐阳 施季森 李亚 洪舟 王新民 王颖 赵亚琦 陈金慧
• 来源期刊: 南京林业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 杉木 基因组SSR EST-SSR
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 专题报道
• 页码范围: 9-14
• 页数: 6页
• 分类号: S722|Q81
• 字数: 4790字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.2014.01.002

摘要

利用已经公布的杉木444条EST序列和未公布的杉木基因组文库中1142条基因序列，进行引物开发效率的比较。去冗余后，利用MISA搜索SSR位点，分别得到109个和39个含有SSR的位点。杉木EST序列中SSR分布密度为964?58个/Mbp，基因组中平均每Mbp出现1037?24个SSR。在两个独立来源的数据库序列中，六核苷酸重复均为最多的重复类型，且AT-rich的重复类型占较大比例。 AGC/CTG是杉木EST序列和基因组库中最多的三碱基重复，通过Primer 3?0分别设计出SSR引物95对和37对。为考察设计引物在杉木不同种源（群体）中的有效性，取12个种源（个体）的优良个体，利用随机抽取的10个EST-SSR和8个gSSR （基因组SSR）进行引物筛选，结果表明：EST-SSR和gSSR各有4对引物在12个种源（个体）中表现出明显的多态性，多态率分别为40％和50％。8对多态性的SSR引物共扩增出25个多态性等位位点，平均每个引物产生3?125个多态性等位位点，平均有效的等位位点为2?3995，PIC平均值为0?5191；Hot平均为0?3074。其中gSSR标记在检测群体间存在较大的分化，4个gSSR比4个EST-SSR扩增出更多的等位位点数、平均等位位点数，以及更大的PIC值。