甘蓝EST资源的SSR信息分析

• 作者: 丁万霞 万雁玲 李建斌 王神云 王红
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甘蓝 EST SSR 功能分析
• 年，卷（期）: 2010,（6）
• 页码范围: 34-41
• 分类号: S635.1
• 语种: 中文

摘要

为了开发甘蓝EST-SSR功能性标记,从NCBI公共数据库检索到63201条甘蓝ESTs,通过前处理和聚类去冗余后得到全长为14828.60 kb的无冗余ESTs 23306条.在这些序列中搜索出3085个SSRs,分布于2616条ESTs中,出现频率是13.24%,与甘蓝开花过程中相关的EST-SSRs出现的频率为6.97%.这些EST-SSRs的平均长度为23.11 bp,平均分布频率是1/4.81 kb.在1～6核苷酸重复的基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的79.09%.AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的79%和34%,对这些含SSR的ESTs进行BLASTx同源性比较分析,发现2616条EST-SSRs中1981条在数据库中可以找到同源物,占EST-SSRs总数的75.73%,功能已知的蛋白质中拟南芥来源的EST-SSRs所占比例最大,为66.02%,同时针对与甘蓝开花相关的EST-SSRs进行功能分析.找到同源物的1981条EST通过GOA进行功能分类,有987条可划分为生物过程、分子功能和细胞成分3大功能类群,其中与生物代谢相关的EST-SSRs数量最多,为263条,994条未被功能注释.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	丁万霞	江苏省农业科学院蔬菜研究所	32	109	6.0	9.0
2	李建斌	江苏省农业科学院蔬菜研究所	61	196	8.0	11.0
3	王红	江苏省农业科学院蔬菜研究所	35	72	5.0	7.0
4	万雁玲	江苏省农业科学院蔬菜研究所	14	33	3.0	5.0
5	王神云	江苏省农业科学院蔬菜研究所	42	130	7.0	9.0