牡丹EST资源的SSR信息分析

• 作者: 侯小改 刘改秀 王娟 王小燕 郭大龙 马慧丽
• 来源期刊: 湖南农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 牡丹 表达序列标签 简单重复序列 频率 特征
• 年，卷（期）: 2011,（2）
• 所属期刊栏目: 园艺·园林
• 页码范围: 172-176
• 分类号: S685.11
• 字数: 3155字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1238.2011.00172

摘要

首先对NCBI数据库下载获得的2204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004bp出现1个SSR.在牡丹EST-SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复.A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%.牡丹EST-SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31bp.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	侯小改	河南科技大学农学院	99	893	17.0	26.0
2	马慧丽	河南科技大学林学院	27	190	9.0	12.0
3	王娟	河南科技大学农学院	78	313	9.0	15.0
4	郭大龙	河南科技大学林学院	50	461	12.0	19.0
5	王小燕	河南科技大学林学院	3	20	3.0	3.0