基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发

• 作者: 吴根松 孙丽丹 张启翔 潘会堂 蔡明
• 来源期刊: 北京林业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 近缘物种 EST 梅花 SSR
• 年，卷（期）: 2011,（5）
• 所属期刊栏目: 园艺学
• 页码范围: 103-108
• 分类号: S685.17
• 语种: 中文

摘要

为获得更多的梅花SSR引物,本研究筛选了84对梅花近缘物种的引物,并从梅花EST数据库的序列中设计了23对EST-SSR引物,用12个梅花品种对这些引物进行了多态性检测。结果表明,近缘物种的引物有69对能扩增出条带,有效扩增率达82.1%,从中筛选的14对引物共得到85个等位基因,平均值为6个。有效等位基因数在2.072～5.539之间,平均值为4。PIC多态信息指数在0.483～0.786之间,平均值为0.695。Shannon指数的平均值为1.528。12个品种遗传相似系数在0.13～0.60之间,平均值为0.26。‘玉蝶龙游’梅和‘小玉蝶’相似系数最大,为0.60;‘美人’梅和‘黄金’梅相似系数最小,为0.13。设计的EST-SSR引物有22对能扩增出条带,有效扩增率达95.6%,其中有11对引物表现出多态性,占全部EST-SSR的47.8%。