夏枯草转录组SSR位点信息分析

• 作者: 朱畇昊 王会敏 苏秀红 董诚明
• 来源期刊: 中国现代中药
• 关键词: 夏枯草 转录组 SSR信息分析
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 29-33,38
• 页数: 6页
• 字数: 4260字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13313/j.issn.1673-4890.20170619003

摘要

目的:分析夏枯草转录组中简单重复序列(SSR)信息,为开发夏枯草新的分子标记奠定基础.方法:使用MicroSAtelite(MISA)软件对转录组序列进行SSR位点搜索并利用Primer3软件设计引物.结果:发现4248条 Unigenes序列中含有5450个SSR位点,发生频率为27.50％,平均每5933 bp含1个SSR位点;二核苷酸、三核苷酸和单核苷酸重复是其优势重复类型,分别占总SSR数量的44.59％、28.44％、24.75％;在夏枯草转录组中共发现160种重复基元,其中以AG/CT比例最高,约25％,其次是A/T,约占夏枯草转录组SSR以5~11次重复为主,其中75.97％的基序长度集中在12～20 bP;共得到4228对SSR位点特异性引物.结论:夏枯草转录组 SSR位点出现频率高、重复类型丰富、密度大、多态性较高,通过对夏枯草转录组资源SSR信息的研究,为进一步开发夏枯草SSR分子标记奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	董诚明	河南中医药大学药学院	140	944	15.0	24.0
3	苏秀红	河南中医药大学药学院	29	186	8.0	11.0
7	朱畇昊	河南中医药大学药学院	21	44	4.0	5.0
11	王会敏	河南中医药大学药学院	1	3	1.0	1.0