芒果转录组中SSR位点信息分析与引物筛选

• 作者: 姚全胜 武红霞 王松标 罗纯 许文天 马小卫
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 芒果 转录组 SSR信息 多态性
• 年，卷（期）: 2015,（7）
• 所属期刊栏目: 生物技术与组织培养
• 页码范围: 1261-1266
• 页数: 6页
• 分类号: S667.7
• 字数: 3353字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2015.07.013

摘要

利用MicroSAtellite软件分析筛选芒果转录组中的SSR位点.结果表明,在54 207条Unigene中共搜索得到4 103个SSR位点,出现频率为7.57％.其中,三核苷酸重复为主导重复类型,占SSR总数的38.19％,其次是单核苷酸重复(26.91％).AG/CT和AAG/CTT分别是二核苷酸和三核苷酸重复的优势基元.根据SSR侧翼序列共设计6 915对SSR引物,随机挑选了230对进行PCR检测,获得93对多态性引物.由此可见,芒果转录组数据可以作为大量开发SSR标记的资源,这些SSR标记也将有助于芒果遗传多样性和种质资源鉴定的研究.