白花前胡转录组简单重复序列位点分析

• 作者: 时博 赵乐 霍常青
• 来源期刊: 中医学报
• 学科: 医学
• 关键词: 白花前胡 简单重复序列信息分析 中药
• 年，卷（期）: 2017,（10）
• 所属期刊栏目: 中药研究
• 页码范围: 1954-1958
• 页数: 5页
• 分类号: R284.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.16368/j.issn.1674-8999.2017.10.513

摘要

目的:根据白花前胡转录组数据中简单重复序列(simple sequence repea,SSR)的位点信息,统计分析后进行引物设计,为开发新的SSR标记做准备.方法:利用Microsatellite (MISA)软件对前胡转录组数据70 752条Unigenes的SSR位点信息进行分析,使用Primer 3软件设计引物,并进行筛选.结果:在白花前胡转录组中共检测到12 267个SSR位点(出现频率为17.34％),分布在10 674条Unigenes中,平均3.78 kb就出现1个SSR位点;在白花前胡转录组SSR中,从单核苷酸至六核苷酸重复类型均有出现,其中二核苷酸重复基元是主要重复类型,占SSR总数的61.57％,其次是单核苷酸重复(16.82％)和三核苷酸重复(15.73％),其余仅占0.73％,并且不同重复类型之间的平均距离差异较大;在93种重复基元中,单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重复基元分别为2、6、30、40、8、7种,其中单核苷酸重复基元A/T、二核苷酸重复基元AT/TA和三核苷酸重复基元CTT/GAA是优势重复基元,分别占SSR总数的16.59％、38.21％和1.14％,其余类型核苷酸重复基元较多,数量较少;通过设计共得到10 254对引物,按照SSR序列长度大于20bp的标准筛选得到其中841对SSR引物.结论:白花前胡转录组中SSR位点出现频率高,重复类型多样,特别是以单、二、三核苷酸重复为主SSR在多态性潜能方面有较高的应用价值,可以有针对性的进行引物设计并加以应用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	时博		17	71	4.0	8.0
2	赵乐		45	96	6.0	8.0
3	霍常青		1	0	0.0	0.0