水稻白叶枯病菌基因组简单重复序列分析

• 作者: 刘立科 吕山花 樊颖伦
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 水稻白叶枯病菌 基因组 简单重复序列
• 年，卷（期）: 2009,（20）
• 所属期刊栏目: 农业生物技术
• 页码范围: 9387-9390
• 页数: 4页
• 分类号: S435.121.4+8
• 字数: 5033字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0517-6611.2009.20.031

摘要

[目的]分析水稻白叶枯病菌基因组中的串联简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs),为其在白叶枯病菌基因组分析和遗传多样性研究提供标记信息.[方法]利用开放的基因组数据库资源,对已完成测序的3个白叶枯病菌菌株KACC10331、MAFF311018和PXO99A进行系统的比较分析,包括基因组中SSR的结构类型、分布、丰度等;并以实例解读了在应用中可能遇到的问题.[结果]在这3个白叶枯病菌菌株的基因组中,由1～6个核苷酸为基序的SSR序列分别有940、926和1 035个;平均每隔5.26、5.34和5.06 kb的距离就有1个大于15 bp的SSR序列.在1～6个核苷酸为基序的SSR序列中,数量最多的是6碱基重复,其次分别是3、5、4、2碱基重复序列,而单碱基重复数目极少.在这3个菌株的基因组中,种类丰富、变异性高的是4、5、6个核苷酸的重复基序,但等位序列上3种菌株间的基序可能不同.[结论]3种白叶枯病菌菌株的SSR在结构类型和分布规律上均具有一定的相似性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘立科	聊城大学生命科学院	26	188	8.0	12.0
2	樊颖伦	聊城大学农学院	22	200	8.0	13.0
3	吕山花	聊城大学农学院	15	214	7.0	14.0