人腺病毒B、D亚种基因组中简单重复序列分析

• 作者: 冯海平 欧阳清检 牛一乐 田优 谭钟扬 赵相艳
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 人腺病毒 亚种 简单重复序列
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 研究快报
• 页码范围: 39-43
• 页数: 5页
• 分类号: Q343.1+5
• 字数: 3981字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2013.01.07

摘要

本文以人腺病毒B亚种31条基因组序列及D亚种39条基因组序列为研究材料,利用Imperfect Microsatellite Extractor 和DNAMAN软件对这些基因组序列中简单重复序列(SSR)的分布情况进行了系统性分析和比较.分析结果显示:人腺病毒B、D亚种基因组中简单重复序列的平均相对密度是十分接近的,但在不同类型SSR中分布情况又有所不同.D亚种中二型SSR明显高于B亚种,在两亚种一型SSR中(A)n、(T)n都是比较多的,而在两亚种二型SSR中的(CG/GC)n表现出了较高的偏好性.在同亚种多序列比对分析中,D亚种表现出了更高的稳定性.B、D亚种中SSR的这种特异性分布可能与它们的进化机制和致病性有关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谭钟扬		12	21	3.0	4.0
2	牛一乐		6	58	3.0	6.0
3	田优		1	2	1.0	1.0
4	赵相艳		4	12	2.0	3.0
5	冯海平		2	6	2.0	2.0
6	欧阳清检		2	6	2.0	2.0