基于转录组数据的桔小实蝇微卫星位点信息分析

• 作者: 张夏瑄 王进军 石俊霞 陈世春 魏丹丹 魏冬
• 来源期刊: 应用生态学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 微卫星 转录组 高通量测序 分子标记 实蝇
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 页码范围: 1799-1805
• 分类号: Q968.1
• 语种: 中文

摘要

以桔小实蝇为材料,从其转录组数据库中筛选功能微卫星(EST-SSR)序列,并进行SSR位点的信息分析.共获得1890个EST-SSR位点,可用于引物设计的SSR数为1296个.EST-SSR平均分布频率为1/10.21 kb,但这种分布频率在不同重复类型SSR之间相差很大.其中,三碱基重复SSR在该种昆虫的EST-SSR中出现的频率最高,结合其他文献推断三碱基重复可能是所有昆虫EST-SSR的优势类型.本文共设计了42对桔小实蝇EST-SSR引物,其中有18对引物可以扩增得到预期大小的条带.最后,探讨了基于转录组数据发掘昆虫SSR的前景和挑战,以及进行转录组EST-SSR筛选时应注意的问题.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	石俊霞	西南大学植物保护学院昆虫学及害虫控制工程重庆市重点实验室	2	31	1.0	2.0
2	魏丹丹	西南大学植物保护学院昆虫学及害虫控制工程重庆市重点实验室	7	53	4.0	7.0
3	张夏瑄	西南大学植物保护学院昆虫学及害虫控制工程重庆市重点实验室	1	31	1.0	1.0
4	陈世春	西南大学植物保护学院昆虫学及害虫控制工程重庆市重点实验室	3	52	3.0	3.0
5	魏冬	西南大学植物保护学院昆虫学及害虫控制工程重庆市重点实验室	5	62	3.0	5.0