利用芥菜转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析

• 作者: 张双照 李永平 温庆放 薛珠政
• 来源期刊: 福建农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 芥菜 转录组 SSR 多态性
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 园艺科学
• 页码范围: 169-177
• 页数: 9页
• 分类号: S649
• 字数: 4344字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.02.007

摘要

[目的]为开发高效的芥菜Brassicajuncea.分子标记.[方法]本研究通过对芥菜转录组测序的信息搜索SSR位点并分析其分布特点,应用Primer 3.0软件设计SSR引物,随机选择50对引物扩增44份芥菜种质,检测其多态性.[结果]芥菜转录组测序共获得55636条unigene,全部序列有48193376 bp;有7834条unigene包含SSR的序列,从中鉴定出9526个SSR位点,其中有1371条序列包含1个以上SSR,复合SSR有572个,SSR发生频率为14.08％.优势重复基序为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR的51.12％和41.91％.二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点的34.74％,三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主,占总位点的18.30％.共设计出21282对SSR引物,随机选择50对引物进行PCR扩增,其中41对扩增出清晰可重复的预期条带,17对(占34％)在44份芥菜种质中表现出多态性.应用UPGMA得到将44份供试材料分为4大类聚类图,可准确地体现了芥菜种质材料的关系.[结论]根据芥菜转录组数据能开发出类型丰富、效率较高的SSR标记,为芥菜亲缘关系分析和遗传图谱构建等提供更可靠的标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	薛珠政	福建省农业科学院蔬菜研究中心	79	312	10.0	14.0
5	李永平	福建省农业科学院蔬菜研究中心	64	330	11.0	15.0
9	温庆放	福建省农业科学院蔬菜研究中心	108	864	14.0	25.0
13	张双照		5	3	1.0	1.0