基于马尾松转录组的SSR分子标记开发及种质鉴定

• 作者: 崔博文 文晓鹏 梅利那 范付华
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 马尾松 转录组 SSR标记 种质资源 多态性
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 专题:植物功能基因研究
• 页码范围: 991-1002
• 页数: 12页
• 分类号: S722.3+3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2017.06.014

摘要

马尾松(Pinus massoniana)在已开发的分子标记中存在缺乏共显性的遗传标记的不足,无法满足分子标记辅助育种的需要,利用转录组数据开发SSR标记目前仍然是较为经济高效的DNA分子标记开发策略,为了全面解析马尾松种质的遗传信息,开发更多适用于马尾松的新型分子标记.本研究利用高通量测序技术开发马尾松EST-SSR标记,掌握其在转录组序列中的分布类型及特征,建立马尾松SSR-PCR技术体系,并以27份马尾松无性系为材料进行验证.结果显示,在获得的70 896条基因簇(Unigene)中共检测出3 329个SSR位点,分布在3 074条Unigene上,发生频率为4.69％,平均距离为20.94 kb.马尾松转录组中优势重复基序为单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点的40.16％、32.83％和20.94％.A/T、AT/AT和AAG/CTT分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元,分别占总SSR重复类型的97.68％、71.45％和21.70％.随机挑选合成的200对引物中,引物扩增率为78.5％.用检测获得的24对多态性较好的引物对27份马尾松进行种质鉴定,总共扩增出137个SSR标记,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.703,平均观测等位基因数(average observed number of alleles,Na)和有效等位基因数(effective number of alleles,we)的平均值分别为6和3.9,香农信息指数(Shannon's information index,D和Nei's基因多样性指数(Nei's gene diversity index,H)在不同SSR位点之间分别为1.338和0.66.利用引物Pms 164和Pms 184可将27份无性系完全区分开:采用SSR标记人工绘制植物种质鉴别图(manual cultivar identification diagram,MCID).供试种质的遗传相似系数为0.32～0.92,以相似系数为基础,进行了非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,以0.63为阈值可将供试种质分为3类.本研究基于马尾松转录组测序序列设计了一批具有高多态性潜力的SSR引物,该引物将27个马尾松无性系基本按材性或种质来源地进行了分类,利用较少的引物就获得了丰富的遗传信息.即基于转录组信息设计的SSR标记是可行的.本研究结果能够为开展马尾松种质资源构建遗传图谱、绘制指纹图谱和标定目标基因等研究提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	范付华	贵州大学贵州省森林资源与环境研究中心	12	100	5.0	10.0