中间锦鸡儿转录组EST-SSR标记系统性识别与引物筛选

• 作者: 李国婧 杨杞 王光霞 王瑞刚
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 中间锦鸡儿 EST-SSR位点识别 引物筛选
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 178-184
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.02.025

摘要

旨在对中间锦鸡儿转录组数据库EST信息进行SSR系统性识别和初步验证,为进一步SSR分子标记开发提供依据.对HiSeq2000测序技术获得的中间锦鸡儿转录组Unigenes进行SSR位点搜索,共获得45 706个SSR位点,出现频率为10.38％,平均4.30kb出现一个SSR位点.SSR重复类型以单核苷酸重复序列基元为主,所占比例为56.47％;二核苷酸、三核苷酸重复序列基元的数量所占比例分别是20.56％和21.04％;其他数量的基元所占比例仅为1.9％.多核苷酸重复类型中最多的为2核苷酸重复AG/CT;其次为3核苷酸重复AAG/CTT.针对EST-SSR位点随机挑选了150对引物,通过琼脂糖凝胶电泳进行PCR验证,其中有79对能获得扩增条带,21对引物扩增出单一条带,比例为14.0％.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王光霞	内蒙古农业大学生命科学学院	9	50	4.0	7.0
2	王瑞刚	内蒙古农业大学生命科学学院	105	429	11.0	16.0
3	杨杞	内蒙古农业大学生命科学学院	28	104	5.0	9.0
4	李国婧	内蒙古农业大学生命科学学院	56	228	9.0	12.0