胡桃EST-SSR标记的筛选及引物设计

• 作者: 冯怡 张智俊 张舍龙 罗淑萍
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 胡桃 EST-SSR 微卫星 引物
• 年，卷（期）: 2011,（36）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 22217-22219,22276
• 分类号: S132
• 字数: 3644字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0517-6611.2011.36.009

摘要

[目的]筛选胡桃的EST-SSR分子标记并对其进行引物设计.[方法]利用生物信息学方法对NCBI网上公开的5213条胡桃(Juglans regia Linn.)ESTs序列进行EST-SSR特征分析,利用Primer 3.0软件对筛选出的EST序列设计引物.[结果]在ESTs序列中共检索出207个SSR,其中无冗余序列188,检出率为3.97％,平均分布距离为21.12 kb,包括92种重复基元,其中以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主,分别占总数目的31.40％和35.27％;对随机筛选出的50条SSR引物进行PCR扩增验证,初步筛选出30对引物.[结论]通过对胡桃EST序列中SSR位点的发掘分析,有针对性地设计EST-SSR引物,将为胡桃科EST-SSR分子标记的开发奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	罗淑萍	新疆农业大学农学院	152	1655	22.0	30.0