茶树转录组中SSR位点的信息分析

• 作者: 史成颖 宛晓春 方从兵 杨华 陈琪 韦朝领
• 来源期刊: 安徽农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 茶树 转录组 SSR信息
• 年，卷（期）: 2011,（6）
• 所属期刊栏目: 茶与食品科学
• 页码范围: 882-886
• 分类号: S571.1
• 语种: 中文
• DOI: 34-1162/S.20111031.1102.001

摘要

利用茶树全转录组的高通量测序获得的127 094条Unigenes来发掘茶树转录组SSR功能性标记.在这些序列中共搜索出12 242个SSRs,分布于10 325条Unigenes中,出现频率为9.63％.茶树转录组SSRs的平均长度为16 bp,平均分布频率是1/3.68 kb.在茶树转录组的SSRs中,二核苷酸重复是主要的类型,占总SSRs的63.78％.茶树转录组SSRs共包含181种重复基元,二核苷酸重复基元CT/AG和TC/GA是优势重复基元类型,分别占总SSRs的23.84％和23.58％.同时对这些SSR的可用性进行了评价.