高通量DNA测序数据的多任务并行压缩算法

• 作者: 何娜 李家辉 王婷 罗海飚
• 来源期刊: 计算机应用研究
• 关键词: 多任务并行 多线程 GPU MIC FastQ文件 压缩
• 年，卷（期）: 2015,（7）
• 所属期刊栏目: 算法研究探讨
• 页码范围: 2014-2017
• 页数: 4页
• 分类号: TF311.56|TP301.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-3695.2015.07.024

摘要

研究采用任务并行的方法,对FastQ格式文件的压缩程序DSRC (DNA sequence reads compression)进行了加速.这一任务并行算法将DSRC分为数据读入和数据压缩两个独立的任务,而后将数据压缩的统计过程进一步细分为title行数据统计和其他数据统计两个独立任务.研究结合CPU多线程、GPU、MIC(many integrated core),针对title行数据设计了高并行度的统计算法,实现title行数据的并行统计.在维持原有压缩比的情况下,本研究得到的最大压缩通量可以达到144 MBps,最大加速比可达三倍.结果表明,多任务并行的方法可以有效地加速DSRC,而协处理器对DSRC的加速效果并不明显.另外本算法在压缩ILLUMINA和SOLiD测序平台下的FastQ数据时,其加速效果比压缩LS454测序平台的数据更为明显.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王婷	中国科学院软件研究所	67	633	10.0	24.0
2	罗海飚	广州中国科学院软件应用技术研究所并行软件研发中心	2	4	2.0	2.0
3	何娜	广州中国科学院软件应用技术研究所并行软件研发中心	1	2	1.0	1.0
4	李家辉	广州中国科学院软件应用技术研究所并行软件研发中心	1	2	1.0	1.0