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面向新一代基因测序数据的拼接算法综述
面向新一代基因测序数据的拼接算法综述
作者:
何威
张健
徐勇
颜珂
原文服务方:
计算机应用研究
生物信息学
全基因组序列拼接
高通量基因测序
摘要:
针对新一代DNA测序数据存在reads长度短、高覆盖度且存在错误数据等特点,研发满足实际应用的拼接软件,是序列拼接领域迫切的研究课题.探讨了全基因组序列拼接面临的挑战,研究了主流的几类拼接算法的拼接原理、操作流程,分析各种算法的优缺点和适用范围,其中包括基于贪心图算法、基于OLC图算法、基于De Bruijn图算法等,并根据不同的标准列举了几类拼接算法之间的差异性,最后对基因拼接算法在未来的研究给出了建议.
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篇名
面向新一代基因测序数据的拼接算法综述
来源期刊
计算机应用研究
学科
关键词
生物信息学
全基因组序列拼接
高通量基因测序
年,卷(期)
2016,(9)
所属期刊栏目
综述评论
研究方向
页码范围
2573-2578
页数
6页
分类号
TP391|TP301.6
字数
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1001-3695.2016.09.002
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
张健
深圳信息职业技术学院软件学院
1
6
1.0
1.0
传播情况
被引次数趋势
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版权信息
全文
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节点文献
生物信息学
全基因组序列拼接
高通量基因测序
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
计算机应用研究
主办单位:
四川省计算机研究院
出版周期:
月刊
ISSN:
1001-3695
CN:
51-1196/TP
开本:
大16开
出版地:
邮发代号:
创刊时间:
1984-01-01
语种:
chi
出版文献量(篇)
21004
总下载数(次)
0
总被引数(次)
238385
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