面向新一代基因测序数据的拼接算法综述

• 作者: 何威 张健 徐勇 颜珂
• 来源期刊: 计算机应用研究
• 关键词: 生物信息学 全基因组序列拼接 高通量基因测序
• 年，卷（期）: 2016,（9）
• 所属期刊栏目: 综述评论
• 页码范围: 2573-2578
• 页数: 6页
• 分类号: TP391|TP301.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-3695.2016.09.002

摘要

针对新一代DNA测序数据存在reads长度短、高覆盖度且存在错误数据等特点,研发满足实际应用的拼接软件,是序列拼接领域迫切的研究课题.探讨了全基因组序列拼接面临的挑战,研究了主流的几类拼接算法的拼接原理、操作流程,分析各种算法的优缺点和适用范围,其中包括基于贪心图算法、基于OLC图算法、基于De Bruijn图算法等,并根据不同的标准列举了几类拼接算法之间的差异性,最后对基因拼接算法在未来的研究给出了建议.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张健	深圳信息职业技术学院软件学院	1	6	1.0	1.0