基于高通量测序的杂交鳢转录组数据分析

• 作者: 孙西红 陈海刚 黄勇 龚望宝
• 来源期刊: 湖南农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 杂交鳢 转录组 unigenes 基因注释
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产
• 页码范围: 529-535
• 页数: 7页
• 分类号: S917.4
• 字数: 5453字
• 语种: 中文

摘要

运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52065条unigenes,长度范围201～12407 bp,序列平均长度为710 bp.从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好.进一步的数据分析,共鉴定出20535个CDS,37324个SNP位点和7830个微卫星.用6大数据库Swiss-Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20955、28938、19339、14052、19358和18635条unigenes获得注释.根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类.KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1716条.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄勇	河南科技大学动物科技学院	21	68	4.0	8.0
2	陈海刚	中国水产科学研究院南海水产研究所	11	56	3.0	7.0
4	龚望宝	中国水产科学研究院珠江水产研究所	17	127	8.0	11.0
7	孙西红	河南科技大学动物科技学院	4	10	1.0	3.0