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摘要:
目的 筛选氧糖剥夺再灌注后BV2细胞中差异表达的基因.方法 取小鼠小胶质细胞BV2分为正常组(control组)和氧糖剥夺再灌注组(OGD/R组),对两组细胞进行转录测序筛选差异表达基因,在线网站(ht-tps://www.xiantao.love/products)对差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析;数据库String(https://cn.string-db.org/)对差异表达基因进行蛋白质互作网络分析后,Cytoscape软件中选择cytoHubba插件筛选出评分较高的关键基因;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测两组关键基因的mRNA表达水平.结果 与control组比较,OGD/R组有122个基因发生明显差异表达(P<0.01),其中108个基因表达上调,14个基因表达下调;GO分析显示,122个差异表达基因与受体配体激活、静脉曲张、正调控STAT信号通路等相关;KEGG分析显示,差异表达基因主要富集到白细胞介素-17(IL-17)信号通路中;蛋白质互作网络分析筛选出差异表达基因中10个评分较高的基因;qRT-PCR结果显示,与control组比较,OGD/R组中IL-6、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(Csf2)、IL-1β、丝氨酸(或半胱氨酸)肽酶抑制剂B分支成员2(Serpinb2)mRNA表达增加(P<0.05),而粒细胞集落刺激因子(Csf3)、Cd40抗原(Cd40)、前列腺素内过氧化物合酶2(Ptgs2)、IL-10、CXC基序趋化因子配体2(Cxcl2)以及IL-12b mRNA表达降低(P<0.05).结论 OGD/R处理可诱导BV2细胞基因差异表达,生物信息学分析可筛选出差异表达基因中的关键基因,qRT-PCR可检测关键基因发生差异表达的情况.
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文献信息
篇名 氧糖剥夺再灌注后BV2细胞中差异表达关键基因的筛选及鉴定
来源期刊 贵州医科大学学报 学科 医学
关键词 脑卒中 BV2细胞 氧糖剥夺再灌注 生物信息学分析 差异表达基因 蛋白质互作网络分析
年,卷(期) 2022,(3) 所属期刊栏目 基础研究
研究方向 页码范围 273-278
页数 6页 分类号 R34
字数 语种 中文
DOI 10.19367/j.cnki.2096-8388.2022.03.005
五维指标
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研究主题发展历程
节点文献
脑卒中
BV2细胞
氧糖剥夺再灌注
生物信息学分析
差异表达基因
蛋白质互作网络分析
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
贵州医科大学学报
月刊
1000-2707
52-1164/R
大16开
贵州省贵阳市北京路9号
66-48
1958
chi
出版文献量(篇)
6328
总下载数(次)
4
总被引数(次)
19951
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:the National Natural Science Foundation of China
官方网址:http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:数理科学
论文1v1指导