CD133+与CD133-人原代胃癌细胞的差异表达基因及核心基因的筛选

• 作者: 贾岑岑 程薇 李雷蕾 曾晓燕 廖永慧 谢渊 周建奖 赵艳
• 来源期刊: 贵州医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 原代胃癌细胞 CD133 RNA-seq 差异表达基因 生物信息学 信号通路
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 专题研究
• 页码范围: 125-132,162
• 页数: 9页
• 分类号: R735.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.19367/j.cnki.2096-8388.2022.02.001

摘要

目的 通过生物信息学方法筛选出CD133+与CD133-人原代胃癌细胞的差异表达基因(DEGs),寻找可能参与胃癌发生的关键基因.方法 根据人CD133+和CD133-人原代胃癌细胞的转录组数据,以|log2FC|≥1,P<0.05为标准筛选DEGs;用Metascape对DEGs进行基因本体论(GO)富集及京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析,利用STRING数据库及Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心基因;利用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库分析核心基因与胃癌患者总生存率的关系.结果 在CD133+与CD133-人原代胃癌细胞间筛选出305个DEGs,其中下调的DEGs 227个,上调的DEGs 78个;这些DEGs主要参与钙离子通道调节、DNA复制及DNA的代谢过程;KEGG通路分析提示DEGs主要富集于IL-17信号通路、RNA运输以及MAPK信号通路;PPI筛选出20个关键基因,其中趋化因子8(CXCL8)、TCP1伴侣蛋白亚基2(CCT2)、核糖体产物因子2(RPF2)、蛋白酶体20S亚基α4(PSMA4)、胞质伴侣素6A(CCT6A)、蛋白酶体26S亚基(PSMD12)以及凝聚素Ⅰ复合物亚基G(NCAPG)表达与胃癌患者的总生存率负相关,RUNX家族转录因子2表达与胃癌患者的总生存率正相关(P<0.05).结论 获得CD133+与CD133-人原代胃癌细胞的305个DEGs及20个核心基因.