基于TCGA数据库和蛋白-蛋白对接分析DMGDH在肾透明细胞癌组织中的表达及临床意义

• 作者: 韩君 张泽鑫
• 来源期刊: 化工时刊
• 学科: 医学
• 关键词: DMGDH 肾透明细胞癌 预后 蛋白-蛋白对接 生物信息学
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 科技进展
• 页码范围: 6-11,55
• 页数: 7页
• 分类号: R737.11
• 语种: 中文
• DOI: 10.16597/j.cnki.issn.1002-154x.2022.02.002

摘要

目的:本研究旨在明确二甲基甘氨酸脱氢酶(DMGDH)基因在泛癌中的表达情况及与患者预后的相关性,并探讨DMGDH在肾透明细胞癌(KIRC)中的相关功能及可能机制.方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据分析DMGDH在泛癌中的表达差异情况,并通过Cox回归法分析DMGDH与各种肿瘤临床预后的相关性.根据DMGDH的表达量,对差异表达的基因进行了基因功能注释(GO)和基因组京都百科全书(KEGG)功能富集分析.最后使用DMGDH对过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路中的关键靶点蛋白过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)、过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)以及具有晶型结构细胞色素P450(CYP450)亚型的受体蛋白细胞色素P450家族1亚家族B成员1(CYP1B1)进行蛋白-蛋白对接分析.结果:TCGA数据分析显示,DMGDH在多种肿瘤组织中显著下调,特别是KIRC.生存分析结果显示DMGDH在KIRC中是预后的保护因素,P值为3.92e-07.生存列线图结果显示DMGDH、年龄和肿瘤(T)淋巴结(N)远处转移(M)分期是独立的预后因素,其生存模型C指数(C-Index)为0.776.基因富集与功能分析显示DMGDH可能与羧酸转运和PPAR信号通路及细胞色素P450代谢有关.蛋白-蛋白对接结果DMGDH与PPARγ、PPARα和CYP1B1蛋白结合较好.结论:DMGDH参与KIRC的发生和发展可能与PPAR信号通路和细胞色素P450代谢有关,DMGDH可以作为KIRC预后的分子标志物.