一起新型冠状病毒暴发疫情的基因组特征与溯源分析

• 作者: 李懿 宋云 毋碧聪 卢世栋 朱琳 李东晓 张白帆 胡晓 卫海燕 赵升 马红霞 叶莹 黄学勇 郭万申
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 关键词: 新型冠状病毒 德尔塔变异株 基因组特征 核苷酸突变 氨基酸突变
• 年，卷（期）: 2022,（4）
• 所属期刊栏目: 新型冠状病毒专题
• 页码范围: 245-250
• 页数: 6页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn112309-20220210-00041

摘要

目的:了解引起河南省2021年11月COVID-19暴发疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征，分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法:收集病例急性期咽拭子标本，应用实时荧光RT-PCR方法对SARS-CoV-2核酸进行检测。选取SARS-CoV-2核酸阳性样本进行高通量基因序列测定和全基因组序列比对分析。结果:核酸检测显示，70例阳性标本ORF1ab基因Ct值的中位数为26.41(15.58~39.27)，N基因Ct值的中位数为24.43(12.04~39.74)。测序结果显示，同武汉参考株(NC_045512)序列相比，测序成功的63例本土病例SARS-CoV-2基因组序列存在47~49个核苷酸突变位点，共享47个突变位点和41个氨基酸变异位点，其中S蛋白区核苷酸突变位点9个，氨基酸变异位点为12个。指示病例与河南省10月14日俄罗斯输入病例和江西省10月本土病例共享47个突变位点，基因组高度同源，属于VOC/Delta变异株(AY.122进化分支)。结论:应对境外输入性COVID-19进行持续监测，适当延长隔离观察期限，降低输入性COVID-19引起本地暴发与流行的风险；通过分析病毒基因组特征及核苷酸和氨基酸变异情况，进行快速溯源，为我省后续精准防控提供有力依据。