乳腺癌化疗耐药微小RNA的筛选

• 作者: 马旭 范静婧 马斌林
• 来源期刊: 新疆医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 乳腺癌 化疗耐药 微小RNA 生物信息学 GEO数据库
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 基础医学研究|Basic Medicine Research
• 页码范围: 37-43
• 页数: 7页
• 分类号: R737.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.3639/j.issn.1009-5551.2022.01.007

摘要

目的 探索乳腺癌化疗耐药的分子机制,筛选具有差异表达的微小RNA(miRNA,miR)及其靶基因,为其治疗提供潜在靶标.方法 以乳腺癌、化疗耐药及miRNA为关键词在基因表达数据库(GEO)中进行检索,并选择以组织为样本的数据集.从数据集筛选出差异表达miRNA并使用TargetScan、MiRDB、miRWALK及Genecards数据库预测其靶基因;采用R语言survminer、survival包,对TCGA数据库中差异倍数显著的前5个miRNA并对其前20个靶基因进行生存分析.利用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)及基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and ge-nomes,KEGG)富集分析,并通过R语言ggplot2包进行可视化操作.结果 GEO数据库中检索出的相应数据集为GSE73736、GSE71142;共筛选出27个差异表达miRNA,靶基因KEGG富集分析主要集中于癌症通路.GO分析结果表明,靶基因生物学过程(BP)主要集中于RNA聚合酶II启动子的转录正调控,分子功能(MF)的变化主要集中于核质,而细胞成分(CC)的变化主要集中于蛋白质结合.生存分析结果发现,糖原合酶激酶3β(GSK-3β)、肿瘤蛋白53诱导的核蛋白1(TP53INP1)的生存分析具有统计学意义(P<0.05).结论 差异表达miRNA及其靶基因高表达与不良预后相关,有望为乳腺癌治疗提供潜在靶标.