基于ceRNA调控网络的乳腺癌预后相关生物标志物筛选

• 作者: 刘俊彤 王培培 叶明全 黎青青
• 来源期刊: 右江民族医学院学报
• 学科: 医学
• 关键词: TCGA数据库 乳腺肿癌 ceRNA网络 生存分析
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 论著与临床报道
• 页码范围: 255-259,265
• 页数: 6页
• 分类号: R737.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-5817.2022.02.023

摘要

目的 利用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库筛选差异表达mRNA、miRNA和lncRNA分子标签,构建预后相关的核心ceRNA调控子网络,探索其在乳腺癌预后相关生物标志物筛选中的作用.方法 从TCGA下载乳腺癌患者的测序数据和临床数据,利用R包"Deseq2"和单因素COX比例风险回归模型,分别筛选差异表达且与预后相关的mR-NA、miRNA和lncRNA分子标签,基于预测性数据库构建ceRNA网络,并对网络中的核心mRNA进行功能注释和免疫相关性分析.结果 筛选出3个mRNA(KLF11、EDA、STXBP1)、1个lncRNA(XIST)和2个miRNA(hsa-miR-130a-3 p、hsa-miR-195-5 p)组成的核心ceRNA子网络,生存分析显示miRNA低表达、mRNA和lncRNA高表达,总生存期显著降低.结论 核心ceRNA子网络中的6个RNA相互调节,可能通过免疫系统在乳腺癌发生发展中起重要作用,对预后产生影响.