G蛋白偶联受体34同源建模及其与lysoPS类似物对接研究

• 作者: 姜媛 肖冰茹 曹洪玉
• 来源期刊: 化学研究与应用
• 学科: 化学
• 关键词: G偶联蛋白受体34 同源建模 活性位点 分子对接
• 年，卷（期）: 2022,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文|Academic Papers
• 页码范围: 722-729
• 页数: 8页
• 分类号: O641.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-1656.2022.04.004

摘要

G蛋白偶联受体34(GPR34)在肥大细胞、肿瘤组织和人体免疫器官中高度选择性表达,但因属于膜蛋白,其三维结构难以测定,不能从分子水平上分析其与药物作用情况.本文选用PDB数据库中与GPR34一级序列同源性最高的4NTJ为模版蛋白进行同源建模,运用拉氏图和Profile-3D进行评估,通过加膜限制和loop区能量优化等方法最终得到合理并且可信度高的3D结构模型.最优模型Verify Score为124.97(期望Verify Score值区间为69.0711～153.491),预测分析得到14个可能的活性位点.通过最陡下降法和共轭梯度法构建GPR34激动剂分子的最低能量结构,将激动剂分子与预测的蛋白3D结构模型上的活性位点进行分子模拟对接,根据对接模型比较不同激动剂分子与不同蛋白活性位点的相互作用.实验结果对设计GPR34激动剂分子和进一步研究GPR34的结构和功能具有理论指导意义.