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鲜食葡萄果实单萜合成关键基因的eQTL分析
鲜食葡萄果实单萜合成关键基因的eQTL分析
作者:
王慧玲
闫爱玲
孙磊
张国军
王晓玥
任建成
徐海英
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
葡萄
单萜
关键基因
eQTL
摘要:
[目的]通过对鲜食葡萄果实单萜合成关键基因进行eQTL定位及候选基因挖掘,深入了解单萜合成调控机制,为优良玫瑰香味葡萄新品种培育及种质改良奠定基础.[方法]以'摩尔多瓦'×'瑞都香玉'F1代群体及亲本为供试材料,分别在转色期和成熟期采集葡萄果实样品;利用实时荧光定量qPCR技术对7个单萜合成途径基因(VvDXS1、VvDXS3、VvDXR、VvHDR、VvLiner,VvTerp和 VvGermD)的表达量进行检测获得表达性状表型数据;基于区间作图法,采用MapQTL6.0软件,对单萜基因表达性状进行eQTL定位分析;将eQTL连锁标记定位到基因组区域,通过Ensembl Plants和NCBI数据库进行基因注释;利用葡萄全基因组芯片技术检测不同发育时期亲本果实样品中候选基因的表达谱.[结果]7个单萜合成基因表达量在F1代群体中呈现连续分布数量遗传特征;各个单萜基因表达之间具有显著的相关性;在转色期,7个表达性状一共定位到13个eQTL,主要位于1号、6号、14号、16号、17号、10号和12号等染色体上,表型解释率介于12.2%-23.5%.其中位于14号染色体的 eQTL(qDXS1-v14、qHDR-v14-1 和 qTerp-v14)覆盖相同的遗传区间57.582-76.979 cM,qLiner-v10、qTerp-v10和qGermD-v10共定位到10号染色体相同的遗传区间;在成熟期,共检测到16个eQTL,主要位于1号、6号、12号、8号、13号和 19号等染色体.qDXS1-m6-2、qDXR-m6-2、qLiner-m6和 qGermD-m6共定位到6号染色体 139.212-143.161 cM 遗传区间;针对成熟期与转色期各个基因的表达量比值变化进行定位分析,共检测到18个eQTL,分别位于1号、3号、7号、10号、12号、15号和 19号等染色体.定位于 12号染色体的 qDXS1-r12-1、qDXR-r12-1、qHDR-r12、qLiner-r12和 qGermD-r12覆盖相同的遗传区间6.330-6.967 cM.对多个基因表达性状共定位的eQTL区域进行基因注释,共筛选到90个转录因子基因,表达谱及相关性分析最终确定11候选基因.其中4个候选基因(VIT-06s0009g01380、VIT_14s0006g02290、VIT-12s0028g01170和 VIT-15s0046g00290)与激素信号通路调控相关,一个候选基因(VIT_12s0028g01110)编码光敏色素作用因子与光响应相关,还有一些编码Myb类、WRKY类转录因子或者未知功能蛋白基因.[结论]在两个不同的生长发育期共检测到37个与单萜合成基因表达性状连锁的eQTL,主要定位于6号、10号、12号和14号染色体.基于基因注释和表达谱分析结果,确定了包含VIT-06s0009g01380和VIT-14s0006g02290在内的11个可能的候选基因,这些候选基因与多个单萜基因表达高度相关.
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文献信息
篇名
鲜食葡萄果实单萜合成关键基因的eQTL分析
来源期刊
中国农业科学
学科
关键词
葡萄
单萜
关键基因
eQTL
年,卷(期)
2022,(5)
所属期刊栏目
园艺|HORTICULTURE
研究方向
页码范围
977-990
页数
14页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.3864/j.issn.0578-1752.2022.05.011
五维指标
传播情况
被引次数趋势
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(/年)
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引文网络
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(0)
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(0)
参考文献
(0)
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2022(0)
参考文献(0)
二级参考文献(0)
引证文献(0)
二级引证文献(0)
研究主题发展历程
节点文献
葡萄
单萜
关键基因
eQTL
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
中国农业科学
主办单位:
中国农业科学院
出版周期:
半月刊
ISSN:
0578-1752
CN:
11-1328/S
开本:
大16开
出版地:
北京中关村南大街12号
邮发代号:
2-138
创刊时间:
1960
语种:
chi
出版文献量(篇)
9193
总下载数(次)
12
总被引数(次)
254208
相关基金
北京市自然科学基金
英文译名:
Natural Science Foundation of Beijing Province
官方网址:
http://210.76.125.39/zrjjh/zrjj/
项目类型:
重大项目
学科类型:
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
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