山西苹果茎痘病毒遗传多样性分析

• 作者: 丁磊 崔正秀 陈伟 吴云锋
• 来源期刊: 干旱区资源与环境
• 学科: 生物学
• 关键词: 苹果茎痘病毒 遗传多样性 外壳蛋白
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 页码范围: 141-146
• 页数: 6页
• 分类号: Q94
• 语种: 中文
• DOI: 10.13448/j.cnki.jalre.2022.048

摘要

苹果茎痘病毒是苹果安全生产的巨大威胁,严重影响苹果产量和质量.探讨苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)在山西省的分布、变异和多样性,可为制定可持续的病毒管理策略提供理论依据.从山西省11个地区采集苹果叶片样品进行RT-PCR检测.结合在线数据库,利用相关软件对文中研究获得的序列进行系统发育、遗传多样性、重组以及种群遗传分化等分析.RT-PCR检测结果显示从山西省11个地区采集的409份苹果叶片样品中,ASPV的检出率为36.33％(临漪)至55.37％(平遥).选择15个ASPV检测为阳性的样品,分别克隆其CP基因并与22个不同的ASPV分离物进行核苷酸和氨基酸一致性分析,发现37个ASPV分离物的核酸一致率为70.27～96.31％,氨基酸一致率为37.04～96.64％,其中,Shanxi-2与JX673826.1的核酸一致率最高,为90.86％,Shanxi-2与MN617853.1的核酸一致率最低,为70.40％.基于CP的进化树分析结果显示37个ASPV分离物被划分为2个进化群体.遗传多样性分析结果表明ASPV种群发生了收缩,且在两个群体之间呈现较大的遗传差异.ASPV-CP基因受负选择压力影响.该研究结果将为评估山西省ASPV的流行病学特征提供重要线索.