针对基因选择性剪接的多序列比对算法研究

• 作者: 周晴 季梁 计宏凯 闻芳
• 来源期刊: 清华大学学报(自然科学版)
• 学科: 生物学
• 关键词: 多序列比对 选择性剪接 引导树 段对段比对
• 年，卷（期）: 2001,（9）
• 所属期刊栏目: 自动化
• 页码范围: 111-115
• 页数: 4页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3149字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-0054.2001.09.029

摘要

为对真核基因的选择性剪接形式进行准确、快速、有效的研究,提出了一种启发式多序列比对算法.该算法借助引导树启发序列之间的两两段对段比对,通过建立序列相似性估计模型,给出了一种由序列间相同词数估计序列相似程度的方法.利用这种方法构造引导树,大大缩短了其构造时间.通过采用序列间的段对段比对,克服了间隙罚分问题,准确地反映了真核基因的选择性剪接形式.引导树构造方法的改进和快速局部比对算法的采用,使得算法运行速度大大高于一般算法.该算法为真核基因的选择性剪接研究提供了一种新的有效途径.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	闻芳	清华大学自动化系	4	130	4.0	4.0
2	周晴	清华大学自动化系	3	32	3.0	3.0
3	季梁	清华大学自动化系	9	155	6.0	9.0
4	计宏凯	清华大学自动化系	2	23	2.0	2.0