一种使用混合PCR筛选技术高效延伸水稻BAC-重叠群的方法

• 作者: 李滔 洪国藩 穆洁 胡昊 韩斌
• 来源期刊: 生物化学与生物物理学报
• 学科: 农学
• 关键词: 水稻 细菌人工染色体(BAC) PCR 重叠群
• 年，卷（期）: 2002,（3）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 358-364
• 页数: 7页
• 分类号: S511
• 语种: 英文

摘要

使用"克隆连克隆(clone by clone)" 战略进行水稻基因组测序需要依赖于构建好的基因组物理图. 工作着眼于水稻籼稻广陆矮4号(Oryza sativa indica GuangLuAi4)第四号染色体长臂上56.1～68 cM的区域, 采用PCR方法筛选BAC全库来延伸重叠群, 构建物理图. 通过参照特异遗传探针定位的BAC克隆(seed BAC)末端序列设计了14对引物, 按特定规则分成3组, 分别以代表水稻BAC 库( 共22 368个BAC )的233个BAC pool为模板进行PCR反应, 一共获得了65个阳性BAC克隆, 通过末端测序、酶切杂交等方法确定了其中29个BAC克隆作为有效延伸的克隆, 延伸了8个重叠群. 通过酶切杂交、末端测序等方法还获知阳性BAC的延伸方向、延伸长度以及与seed BAC之间的重叠长度. 8个重叠群总的延伸长度达到510 kb. 与实验室原用于作物理图的其他方法如指纹图、点杂交等相比, 该方法有高效率、高灵敏度、专一性好、可重复使用等优点. 创新之处在于通过引物的合理分组和PCR实验条件的改进降低了假阳性和假阴性率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	洪国藩	中国科学院上海生命科学研究院国家基因研究中心	9	54	2.0	7.0
2	韩斌	中国科学院上海生命科学研究院国家基因研究中心	24	225	8.0	14.0
3	胡昊	中国科学院上海生命科学研究院国家基因研究中心	9	43	4.0	6.0
4	李滔	中国科学院上海生命科学研究院国家基因研究中心	8	92	5.0	8.0
5	穆洁	中国科学院上海生命科学研究院国家基因研究中心	1	0	0.0	0.0