用IRE_FINDER算法在非翻译区搜索人和小鼠的铁反应元件

• 作者: GREENE Jonathan R. MURGOLO Nicholas J. 吴才宏 姜颖 王鲁泉 邱平 陈新 黄弋
• 来源期刊: 生物化学与生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 铁反应元件 铁调控蛋白 茎环结构 非翻译区
• 年，卷（期）: 2002,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 743-747
• 页数: 5页
• 分类号: Q51
• 语种: 英文

摘要

铁反应元件(IRE)具有的高度保守的RNA茎环结构, 是胞质中IRE结合铁调控蛋白(IRP)的位点. IRP与IRE的结合受细胞内铁含量的调控, 与铁代谢有着密切的关系. 许多与铁代谢有关的基因在5′UTR或3′UTR都存在IRE. 当铁离子缺乏时, IRE与IRP结合, 使核糖体的翻译进程受阻, 抑制mRNA的翻译; 而当铁离子浓度较高时, IRP就释放IRE, 促进翻译. 因此, IRE 在5′UTR调节着翻译的起始[1]. 如果IRE位于3′UTR, IRE与IRP的结合可以稳定mRNA并预防其被降解. 所有已知的IRE均为C1G5型, 即环的1号和5号碱基位置分别是保守的C和G; 另外还存在一类体外合成的U1A5型IRE, 即环的1号和5号碱基位置分别是保守的U和A, 能够在体外有效地结合IRP. 由于IRE与铁代谢、氧化性损伤(oxidative stress)和衰老等过程都有密切的关系, 因此在临床及新药研制等方面都很受重视. 通过改进搜索IRE的算法, 用计算机程序对人与鼠的mRNA非编码区(UTR)序列数据库进行全面的搜索, 期望找出可能存在的C1G5或 U1A5类型的IRE, 或包含这两种类型IRE的基因.