结球白菜结球前期基因表达序列标签(EST)分析

• 作者: 任世军 戴大鹏 晏月明 曹鸣庆 王亚东 郭新宇 马荣才 高瑞娟
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 表达序列标签 结球叶 结球白菜
• 年，卷（期）: 2004,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 24-29
• 页数: 6页
• 分类号: S634
• 字数: 5402字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2004.01.005

摘要

以结球白菜(Brassicatspa L.ssp.pekinensis)结球前期心叶为材料,构建了结球前期球叶cDNA文库,随机挑选克隆单向单次测序后,共得到1 162条峰图良好和插入片段长度大于150 bp的可用序列.BLAST X及BLAST N序列比对分析表明,94.8%(1 102/1 162)的表达序列标签(EST)可在蛋白质或核苷酸水平上找到同源类似物.同源性最大的蛋白质按物种来源分析后发现,大约77%的功能已知蛋白质来自拟南芥(Arabidopsisthaliana),另外还有60个EST与已发表的植物基因没有同源性,这一部分EST对于研究结球白菜独特的生理和形态发育途径以及开展基因组分子作图具有重要的意义.同源蛋白质按其功能进行分类表明,参与蛋白质合成过程的酶或蛋白质的EST数量最多,其次是参与能量代谢过程(包括光合作用)的EST序列.在核苷酸水平上,全部EST中只有51%的同源物来自拟南芥.对上述1 162条EST进行片段重叠群分析(contiganalysis)共获得895个非冗余片段重叠群,其中723个仅由一个EST组成(即singletons),表明结球白菜结球过程中表达的基因种类繁多.大量EST的获得为进一步了解结球白菜结球机制及获取相关基因提供了重要的序列信息.