从水稻Ac/Ds插入突变体扩增Ds侧翼序列的最适TAIL-PCR引物

• 作者: HAN Chang-Deok PARK Sung-Han PIAO Hai-Long 孙丙耀
• 来源期刊: 生物工程学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 随机简并(AD)引物 Ds-特异引物 Ds侧翼序列 水稻 温度非对称交互PCR
• 年，卷（期）: 2004,（6）
• 所属期刊栏目: 基因工程
• 页码范围: 821-826
• 页数: 6页
• 分类号: Q756
• 字数: 1546字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-3061.2004.06.003

摘要

温度非对称交互PCR(TAIL-PCR)技术已广泛应用于从多种生物体系克隆侧翼于已知序列的DNA片段的分子操作中,并极大地促进了反向遗传学研究.但是,可能由于不同物种间基因组大小和序列存在显著差异,在采用该技术进行转座元件Ds水稻插入突变体鉴定过程中,常因TAIL-PCR反应的稳定性差而影响突变体筛选效率.有鉴于此,根据Ds核苷酸序列设计了分别对应或互补于Ds插入元件两端长度不同的12个特异引物组成32个组合,在大量预试验基础上与6个不同简并性(32～256)的随机简并引物分别组合进行TAIL-PCR反应,较系统地研究了引物特性对以水稻基因组DNA为模板的TAIL-PCR反应效率的影响.结果发现,第一反应采用长序列特异引物(36～40mer)可显著提高扩增特异性,随机简并引物的简并度对反应的影响显著.还选择出两个适于从水稻Ds插入突变体基因组高效扩增出Ds插入侧翼片段的最优特异引物组合和最适简并引物.应用本研究结果可显著地提高TAIL-PCR技术筛选水稻插入突变体的效率.