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摘要:
目的:结合本实验室研究结果,充分利用NCBI的核酸和蛋白数据库中检索到的CagA基因碱基和蛋白质氨基酸序列,分析其序列特征以及与地域和疾病的相关性.方法:利用Vector NTI Suite 9.0,ClastalX(version 1.8),Phylip(version 3.5)和Treeview(version 1.61)软件对检索到的幽门螺杆菌CagA基因碱基和蛋白质氨基酸序列进行多序列比较和系统发育分析.结果:检索到可以利用的全序列44条,部分序列560条.通过44条全序列比对,相似性分析和构建系统进化树,发现CagA基因碱基和蛋白质氨基酸序列可分为具有明显地域特征的东西方两类.通过44条CagA全序列和266条C端部分序列分析,发现C端相对多变区的重复序列可分为两类:第一类为菌株共有的不连续重复序列,第二类为个别菌株特有的连续重复序列,此类重复序列包含EPIYA模体的重复.序列特征与疾病的关系分析表明,非胃癌株中包含第二类重复序列的菌株占13%(9/71),胃癌株中包含第二类重复序列的菌株占3l%(12/39),X2检验P=0.021<0.05,故可以认为胃癌株中包含第二类重复序列出现率高于非胃癌株,可以认为包含第二类重复序列的菌株与胃癌有关.结论:幽门螺杆菌CagA基因及蛋白序列多态性明显,具有东西方两个地域聚类特征,重复序列可分为两类.第二类重复序列中包含EPIYA模体的重复可能导致菌株致病性增强.
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文献信息
篇名 幽门螺杆菌cagA基因及蛋白序列多态性分析
来源期刊 世界华人消化杂志 学科
关键词
年,卷(期) 2004,(6) 所属期刊栏目 幽门螺杆菌
研究方向 页码范围 1307-1312
页数 6页 分类号
字数 3983字 语种 中文
DOI 10.3969/j.issn.1009-3079.2004.06.013
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 张建中 中国疾病预防与控制中心传染病预防与控制所传染病诊断室 140 649 13.0 18.0
2 尹焱 中国疾病预防与控制中心传染病预防与控制所传染病诊断室 7 34 4.0 5.0
3 曾浔 中国疾病预防与控制中心传染病预防与控制所传染病诊断室 4 27 4.0 4.0
4 周军 中国疾病预防与控制中心传染病预防与控制所传染病诊断室 1 9 1.0 1.0
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大16开
社址:山西省太原市双塔西街77号;办公地址:北京市朝阳区东四环中路62号,远洋国际中心D座903室
22-117
1993
chi
出版文献量(篇)
13630
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相关基金
国家自然科学基金
英文译名:the National Natural Science Foundation of China
官方网址:http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:数理科学
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