耐辐射奇球菌Deinococcus radiodurans中非编码RNA

• 作者: 华跃进 林军 王梁燕 田兵 陈仲中
• 来源期刊: 核农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 耐辐射奇球菌 非编码RNA RNA 二级结构
• 年，卷（期）: 2006,（5）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 383-387
• 页数: 5页
• 分类号: S5
• 字数: 3341字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-8551.2006.05.008

摘要

耐辐射奇球菌(Deinococcus Radiodurans)对电离辐射、紫外线以及强氧化剂等方面具有惊人的抗性.非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)在参与转录调控、RNA的加工与修饰、mRNA的转录、蛋白质的运输与稳定性调节等方面具有非常明显的作用.本文通过概率上下文无关算法(Stochastic Context Free Grammar,SCFG),对耐辐射奇球菌R1菌株的基因间序列进行相似二级结构预测,结果发现,在耐辐射奇球菌R1基因组的非编码区存在28个非编码RNA家族.其中IRE家族成员最多,其次是Histone3、tRNA和SECIS家族.所发现的DicF与ctRNA-pGA1、tmRNA等家族成员为细菌所特有.与其他生物比较分析结果显示,可以用这些非编码RNA来研究耐辐射奇球菌的生物学功能,并为进一步研究其DNA损伤与修复分子机制提供依据.