大肠杆菌转录起始位点的计算定位方法

• 作者: 倪青山 杜耀华 王正志
• 来源期刊: 国防科技大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 大肠杆菌 转录起始位点 计算定位 复合模式 滑动窗口
• 年，卷（期）: 2006,（4）
• 所属期刊栏目: 电子工程·计算机工程
• 页码范围: 88-92
• 页数: 5页
• 分类号: Q527
• 字数: 4344字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-2486.2006.04.019

摘要

根据已有的启动子识别算法,提出了一种基于滑动窗口的大肠杆菌转录起始位点(TSS)计算定位方法,通过在启动子信号特征中引入复合模式来改进识别分类器,并将其用于滑动窗口序列,在合理限定的TSS定位范围内依次计算各个序列位置的TSS似然得分,再利用TSS与翻译起始位点(TLS)的距离分布信息作为TSS的位置得分,两者相结合来进行位置预测.对大肠杆菌真实数据的测试表明,算法可以大幅度减少假阳性结果,实现对真实TSS位置的有效预测.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王正志	国防科技大学机电工程与自动化学院	85	629	13.0	20.0
2	倪青山	国防科技大学机电工程与自动化学院	22	72	5.0	7.0
3	杜耀华	国防科技大学机电工程与自动化学院	19	110	7.0	10.0