利用位点特异性打分矩阵对大肠杆菌启动子的预测

• 作者: 万平 闫妍
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 大肠杆菌 启动子 位点特异性打分矩阵( PSSM) 预测
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 研究快报
• 页码范围: 125-130
• 页数: 6页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3075字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2015.02.09

摘要

启动子是基因转录起始的一个关键性元件。本研究利用数据库中提供的大肠杆菌启动子数据，基于位点特异性打分矩阵（ Position?specific scoring matrix，PSSM）算法建立了大肠杆菌启动子预测方法，并采用ROC曲线对预测结果进行评估。结果显示，本方法对大肠杆菌sigma24、sigma28、sigma32、sigma38、sigma54和sigma70启动子预测的准确度分别达到86％，96％，93％，96％，97％和74％。由于原核生物启动子序列的保守性，可将该方法推广至其他原核生物的启动子预测。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	闫妍	首都师范大学生命科学学院	1	2	1.0	1.0
2	万平	首都师范大学生命科学学院	14	71	3.0	8.0