生物体内硒蛋白的计算机识别方法

• 作者: 刘琼 姜亮 徐辉碧 陈平 高中洪
• 来源期刊: 计算机与应用化学
• 学科: 生物学
• 关键词: 硒 硒蛋白 硒代半胱氨酸 硒代半胱氨酸插入元件(SECIS)
• 年，卷（期）: 2006,（8）
• 所属期刊栏目: 一、研究论文
• 页码范围: 715-719
• 页数: 5页
• 分类号: Q524
• 字数: 4366字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-4160.2006.08.007

摘要

硒是人体必需的微量元素,在人体内主要形成硒蛋白.硒蛋白的计算机识别,不仅能预测生物体中硒的形态,而且可为硒的生化性质研究提供理论基础,以阐明硒的生物功能.本文以斑马鱼为研究对象,结合已有生物分析软件,采用PERL语言编程,建立了计算机识别硒蛋白的新方法.它根据硒蛋白基因的判断标准、以目前公布的不同物种的基因组注释信息为基础,将以TGA码终止的基因的再分析、3'-UTR区域中硒代半胱氨酸插入序列(SECIS)结构的检索、同源相似基因中硒代半胱氨酸/半胱氨酸的比对,以及硒蛋白基因编码区的识别等步骤,从已注释的基因组中用计算机寻找和鉴定硒蛋白的形态.当前,已有一些识别硒蛋白的方法,但只能识别专一物种,而本文提出的方法,克服了该缺陷,而且对计算机运算速度和容量无苛刻要求,尤其是发现不同物种新硒蛋白方面有优势.本方法普遍适用于不同物种基因组中,硒蛋白的计算机预测与识别.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘琼	深圳大学生命科学学院	24	128	6.0	11.0
2	徐辉碧	华中科技大学化学系	150	2906	30.0	48.0
3	高中洪	华中科技大学化学系	23	302	10.0	17.0
4	陈平	华中科技大学化学系	17	154	6.0	12.0
5	姜亮	华中科技大学化学系	1	5	1.0	1.0