基于折叠识别法的蛋白质天然构象的一致性预测法Pcons2与聚类分析的理论研究

• 作者: 余江河 方慧生 王旻
• 来源期刊: 中国药科大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质结构预测 折叠识别法 Pcons2 聚类分析 CASP
• 年，卷（期）: 2006,（1）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 77-82
• 页数: 6页
• 分类号: Q518.2
• 字数: 4387字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-5048.2006.01.017

摘要

在蛋白质天然构象预测中,折叠识别法中一致性预测Pcons2和从头预测法中的Rosetta在CASP5中获得了很大的成功.在Rosetta法中,先用Monte Carlo搜索法产生大量低能量的预测模型,然后依据模型之间相似性分数,用聚类分析法选择质量好的模型.而Pcons2则是基于线性回归来预测模型的质量.人们通常认为Pcons2和聚类分析是两个完全不同的方法.本文通过理论研究和实际数据计算发现:在聚类分析中,模型之间的相似性分数与模型质量存在着较强的线性关系,这也是聚类分析的工作基础.因此,如果不考虑预测模型的来源,聚类分析和Pcons2的基本原理和算法是相同的.据此可以将Pcons2中的优势转移到聚类分析中,为从头预测最终选择较高质量的模型提供一些新途径.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王旻	中国药科学大学生命科学与技术学院生物信息学教研室	170	1536	20.0	32.0
2	方慧生	中国药科学大学生命科学与技术学院生物信息学教研室	28	84	6.0	8.0
3	余江河	中国药科学大学生命科学与技术学院生物信息学教研室	16	78	4.0	8.0