用Taqman MGB探针研究中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性

• 作者: 叶小明 庄志雄 庾蕾 谢富焕 黄海雄
• 来源期刊: 中山大学学报（医学科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 多态性 肿瘤坏死因子α 单核苷酸多态性 实时定量PCR Taqman MGB探针
• 年，卷（期）: 2006,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 51-54,62
• 页数: 5页
• 分类号: Q347
• 字数: 2738字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1672-3554.2006.01.013

摘要

[目的]了解中国人群肿瘤坏死因子α(the tumour necrosis factor α,TNF-α)基因启动子区多态性.[方法]随机选取20名深圳地区汉族健康体检者,采用两对引物PCR扩增TNF-α基因启动子区(-1389nt～+125 nt),对PCR产物进行序列分析,寻找单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNPs).采用Taqman MGB探针建立了-857nt(C/T)位点的实时定量PCR(the real-time PCR)分型方法,并对中国汉族、壮族、布依族,水族及苗族群体共1 108份样本进行了基因分型.[结果]在启动子区(-1322nt～+67 nt),发现6个SNP位点,即-885(A/G)、-863(C/A)、-646(G/A)、-648(G/A)、-568(G/C)和-857(C/T,其中位点-646 nt(G→A)为新发现SNP.-885、-648及-568nt位点碱基虽然与Genbank不同,但测序的20个个体基因分型相同.中国人群-857nt(C/T)位点基因型频率分别为0.79(CC),0.19(CT)和0.02(TT),中国汉族、壮族、布依族,水族及苗族群体间无显著性差异.中国人群-857T等位基因频率为0.116,与文献报道的韩国人群相同,但比日本人群低.[结论]中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性可能较保守.采用Taqman MGB探针实时定量PCR技术对SNPs进行基因分型简便、快速及准确,易于自动化,为大规模的疾病相关性研究提供了有效的工具.